태평양에 떠 있는 메가 플로트 도시이자, 어느 국가에도 소속되지 않은 베이론 시티. 그곳에는 'D 재해'라고 불리는, 악마가 일으키는 특수한 사건이 다수 발생하고 있었다. 이에 대처하는 건 PMC(민간군사기업)에 소속된 사람들로, 베이론 시티에 살고 있는 청년 슈도 그중 하나였다. 언제나 돈에 쪼들리는 슈를 헌신적으로 도와주는 사람은, 베이론 시티에서 학교에 다니고 있는 미소녀 고등학생 키사라. 그리고 또 한 명, 슈가 과거에 속해있던 대형 PMC의 직원이자 전 애인인 아야노였다.